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有 230 万人口,其中八成人口为学生的「学园都市」,是比其他地区科技更为先进,并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴,由于她的能力与个性使然,因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
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————身長差15メートルの恋未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。再び滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや人型戦闘兵器・衛人(ルビ:モリト)のエースパイロットである谷風長道の活躍により…